Pero sería injusto reducir las glorias de la Reserva solo a los varanos. Este rosario de islas e islotes están situados en el punto donde el océano Pacífico y el Índico se encuentran y funden sus aguas. Cada día las islas actúan como un gigantesco embudo, las aguas de ambos océanos se desplazan entre los rompientes, los estrechos y las profundas fosas marinas vertiéndose literalmente un océano sobre el otro formando desniveles en la superficie de hasta medio metro de altura.
Semejante espectáculo único en el mundo bien vale la pena verlo en el estrecho de Lehok Uadadasami, en la parte sur de la isla de Rinca, navegando entre delfines y cachalotes. Sus aguas tienen el no poco honroso record de estar consideradas como las más peligrosas de Indonesia por las fuertes corrientes que allí discurren. Este continuo movimiento en masa de las aguas provoca una sobre oxigenación que favorece el crecimiento del plancton y corales tanto duros como blandos y que dan cobijo a una gran variedad de fauna marina que encuentra estas aguas ricas en nutrientes.
El universo acuático que existe bajo la superficie del océano es también lugar de paso y refugio de 5 especies de tortugas marinas y de grandes mamíferos que encuentran aquí calamares en abundancia para alimentarse, como ballenas azules Balaenoptera musculus, cachalotes Physeter catodon dugones Dugong Dugong y hasta 10 especies de delfines.
La playa de Pantai Merah, situada en la isla de Komodo y que literalmente significa playa rosa, es un buen lugar para realizar snorkeling e inmersiones de buceo. El color rosa de la arena se debe a que está formada por corales rojos finamente triturados por la acción de las olas.
La isla de Kalong, cerca de Kampung Komodo, es otro de los centros de atención para los visitantes del Parque Nacional. La isla es el hogar de una gran colonia de zorros voladores frugívoros, cada día después de buscar su comida regresan a los árboles de la isla